اهمال ارتجاع المريء قد يؤدي إلى مضاعفات خطيرة مثل التهابات وتقرحات المريء أو تضيق المريء،النزيف الهضمي أو تغيّرات ما قبل السرطان والتي تزيد من خطر سرطان المريء، والقلق يصبح ضروريًا إذا كانت الأعراض متكررة أو شديدة أو مصحوبة بصعوبة بلع أو نزيف أو فقدان وزن غير مبرر أو ألم صدري يشبه ألم القلب، ويشير الدكتور أحمد عطية أخصائي الأمراض الباطنة إلى أنه يستدعي إرتجاع المريء القلق عندما يحدث
حرقة مستمرة أكثر من مرتين أسبوعياً أو إرتجاع ليلي يقطع النوم،صعوبة البلع والتى قد تشير إلى تضيق المريء الناتج عن التهابات مزمنة.
كذلك نزيف أو قيء دموي أو براز أسود ويعتبر علامة على تقرحات أو نزيف في المريء.
قد يرتبط بمضاعفات خطيرة مثل مريء باريت أو سرطان المريء.
أيضا ألم صدري يشبه ألم القلب و يجب عدم تجاهله لأنه قد يكون ارتجاعًا أو مشكلة قلبية.
كذلك ظهور سعال مزمن أو بحة صوت أو تفاقم الربو و هي مضاعفات خارج المريء بسبب وصول الحمض إلى الحنجرة أو الشعب الهوائية.