يقول الدكتور أحمد قناوي استشاري الصحة العامة أنه يتم تصنيف نقص المناعة إلى نوعين رئيسيين، وهما:
نقص المناعة الأولية، والتي تعد وراثية، ويندرج تحتها أكثر من 200 نوع من اضطرابات نقص المناعة، مثل نقص المناعة المتغير المشترك ونقص المناعة المشترك الشديد.
نقص المناعة الثانوية، والتي تحدث بسبب عوامل خارجية، مثل التعرض للعلاج الكيميائي أو الإشعاعي، أو بسبب سوء التغذية. ومن الأمثلة على اضطرابات نقص المناعة الثانوية التهاب الكبد الفيروسي.