تؤكد الدكتورة آمال التهامي استشاري الباطنة أنه يمكن أن تكون اضطرابات الجهاز الهضمي التالية من أعراض نقص المناعة في الجسم مثل
نوبات من الإسهال،نوبات من الإمساك،كثرة الغازات.
ومن أسباب مشاكل الجهاز الهضمي لدى مرضى نقص المناعة انخفاض مستويات البكتيريا النافعة في القناة الهضمية، حيث تلعب البكتيريا النافعة دوراً رئيسياً في الحفاظ على صحة الجسم والوقاية من الالتهابات، بما في ذلك التهابات الجهاز الهضمي.
كما ويمثل انخفاض البكتيريا الجيدة في الأمعاء عامل خطر للإصابة ببعض أمراض المناعة الذاتية، مثل مرض الاضطراب الهضمي.