يقول الدكتور أحمد نجيب استشاري الجراحة العامة أنه قد يتساءل البعض حول أسباب الشفة الأرنبية ومنها ما يلي:
الوراثة:
مع أن أسباب الإصابة بتشوهات الشفة والحنك مازالت في معظم حالاتها مجهولة حتى الآن، لكن بات من المعروف أن الوراثة تلعب دوراً في زيادة خطر حصولها، لذا فإن احتمالات الإصابة بهذه التشوهات تكون أكبر عند حديثي الولادة في العائلات التي قد أصيب فيها أحد أفرادها من قبل.
عوامل بيئية
هنالك مجموعة من العوامل البيئية التي قد تلعب دوراً في حدوث الشفة الأرنبية، منها ما يلي:
إصابة الأم ببعض اضطرابات الغدد الصماء.
الأدوية، إذ إن تناول الأم الحامل لبعض أنواع الأدوية التي قد يكون لها بعض الآثار الجانبية على الجنين خلال فترة الحمل، قد يساهم في إصابة الجنين بشق الشفة الأرنبية، ومن الأمثلة على هذه الأدوية، أدوية علاج الصرع، وبعض أدوية القلب، وبعض أدوية علاج حب الشباب والتي تحتوي على الكورتيزون، وتنصح الحامل بتجنب تناول أي علاجات خلال فترة الحمل، خاصة الأشهر الأولى، دون استشارة طبيب.