تؤكد الدكتورة ندي راجح استشاري الأطفال أنه انه كما عند الكبار، يستخدم الأطباء المضادات الحيوية في علاج الميكروب الحلزوني عند الأطفال. وقد لا يقتل مضاد حيوي واحد البكتيريا الحلزونية، لذلك يصف الأطباء غالباً مجموعة من المضادات الحيوية. ولتخفيف مشاكل أحماض المعدة، عادة ما يعطي الأطباء أيضاً مضادات الحموضة أو الأدوية المثبطة للأحماض.
ويساهم العلاج بالمضادات الحيوية في منع العديد من حالات التهاب المعدة وأمراض القرحة الهضمية التي تسببها البكتيريا الحلزونية، وخاصة قرحة الاثني عشر. ويعالج الطفل الذي تظهر عليه أعراض نزيف من المعدة أو الأمعاء الدقيقة في المستشفى.